一、办公室。负责机关日常运转工作。负责机关文电、会务、接待、综合信息、新闻宣传报道、信访、网络舆情监管、保卫、环卫、物业管理等工作；负责牵头组织办理人大代表意见、政协委员提案；机关建设和“双创”工作；承担组织编制自然资源发展战略、中长期规划、年度工作计划等综合调研工作。协调自然资源领域综合改革有关工作；负责联系社区工作。
二、人事股。负责全局干职工队伍建设；承担全局人事管理、机构编制、劳动工资、社会保障、绩效考核、纪检监察、统计工作、人事档案和教育培训等工作。
三、财务股（内部审计办公室）。负责自然资源专项收入征管和专项资金、基金的使用、拨付及运用监督；拟订部门财务、资产管理规章制度，负责招商引资和立项争资工作，负责编制和实施部门预决算和预算绩效评价；负责局机关实施政府采购（招标）、参与其他各类项目的采购与招投标，并归档各类项目资料，负责固定资产的统筹、调配、处置等工作；主持系统内的审计（含项目的工程审计），承担国库集中支付工作；管理基本建设及专项投资；承担财政资金的结构优化和监测工作；负责全局财务核算和日常财务管理工作；指导、监督局属各单位财务工作。
四、法规股。承担全局有关规范性文件、合同等法律文书的合法性审查和清理工作；组织开展法治宣传教育、普法宣传教育和推进依法行政的有关工作；承担行政复议、行政诉讼和行政裁决的有关工作；负责指导监督行政执法工作、综治维稳工作；参与各类听证会、负责组织征地听证等工作。
五、自然资源调查确权监测股。依照自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准，建立自然资源定期调查监测评价制度并组织实施；定期组织实施全市自然资源基础调查、变更调查、动态监测和分析评价；开展水、森林、草原、湿地资源和地理国情等专项调查监测评价工作；承担自然资源调查监测评价成果的汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督。落实各类自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的制度、标准、规范；负责指导监督全市自然资源和不动产确权登记工作；负责由本级承担的自然资源确权工作；建立健全全市自然资源和不动产登记信息管理基础平台；负责自然资源和不动产确权登记人员培训及上岗资格审查；承办建设用地权籍审查工作；指导不动产登记资料管理。负责基础测绘和测绘行业管理；负责测绘资质资格与信用管理，监督管理地理信息安全和市场秩序；负责地图管理、地理信息公共服务工作。组织实施地方测量标志的设立和保护；承担全市地理空间数据的汇集、共享工作；负责全市航空航天遥感影像数据的统一获取、处理、提供；负责测绘勘察管理。
六、自然资源所有者权益和开发利用股。负责全民所有自然资源资产管理和收益管理，组织实施资产清查；建立全民所有自然资源资产管理台账，及时填录全民所有自然资源资产信息系统和动态监测监管系统，编制全民所有自然资源资产负债表；负责全市低效用地和空闲地的调查认定和处置管理工作，依法收回闲置土地；负责超容积率补缴出让价款工作。负责自然资源开发利用和节约集约利用，实施自然资源资产有偿使用及自然资源市场监测监管；负责建立政府公示基准地价等自然资源价格体系，组织开展自然资源等级和价格监测，监督管理全市自然资源评价评估中介机构和人员；编制年度土地供应计划，负责全市国有建设用地使用权以划拨、出让、租赁等方式统一供应；负责国有建设用地使用权出让方案的拟制、呈报及实施，负责市经营性建设用地出让联席会的议题、文件、资料准备和会议纪要；负责国有建设用地使用权出让合同的签订，土地出让价款的收取和契税把关；负责土地出让金核算返还；负责污染后土地再利用。
七、自然资源规划核验股。负责自然资源供后动态监测管理；承办建设工程项目用地的竣工核验；负责批后在建项目的放样验线；指导项目建设方与施工方按规划进行建设；实时跟踪核验在建项目规划实施情况，对闲置和违建及时反馈给执法大队处理；负责建设项目规划核验和竣工验收，对竣工验收时发现的未按规划要求实施的项目提出整改意见。
八、国土空间规划股。负责组织编制、修改、报批市级国土空间规划，市级总体规划、专项规划，近期建设规划和重要地块详细规划；建立国土空间规划实施检测、评估和预警体系；拟订市级政策性文件。
九、规划技术股。负责规划技术管理工作，指导解决规划设计有关的技术问题；负责组织制定有关城市规划技术管理规定、规程及内部业务流程；承担规划项目的技术审查和评审工作；承担市国土空间规划委员会办公室的具体工作；提出规划设计要点，参与项目建设工程的规划审查与验收核实。
十、村镇规划股。组织落实中央及省市各级对各镇村规划的有关政策、制度、标准、规范及工作要求，并监督实施；指导各镇国土空间规划和村庄规划的编制、审查、报批和备案工作；参与各镇大、中型建设项目的用地选址和各建设工程项目审查办理许可的服务与指导；指导各镇村民建房审查、报批工作；组织对各镇规划工作人员的培训；负责各镇规划管理数据资料的统计工作。
十一、国土空间用途管制股。牵头负责用地项目的选址，落实国土空间用途管制制度和技术标准并监督实施；提出土地年度利用计划并组织实施；负责土地用途转用的预审、审核、报批工作；负责城乡规划管理等用途管制政策并监督实施；拟订全市征地拆迁补偿安置的政策草案；指导和监督市级征地拆迁补偿安置相关工作。
十二、耕地保护监督股。拟订并实施耕地保护政策，组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护，负责永久基本农田划定、占用和补划的监督管理；负责土地复垦、承担耕地占补平衡管理工作；负责耕地保护政策与林地、草地、湿地等土地资源保护政策的衔接；负责后备资源调查、耕地质量等别更新和全市设施农用地管理工作。
十三、国土空间生态修复管理股。拟订国土空间生态修复规划；承担指导国土空间综合整治、增减挂勾等工作；承担矿山地质环境恢复治理等工作；承担土地开发项目的立项、选项、设计变更批复及行政验收等工作；承担生态保护补偿相关工作。
十四、地质勘查和矿产资源管理股。组织矿业权管理政策实施；负责发证矿业权出让、交易管理及审批登记发证工作；指导全市采矿权、探矿权审批登记；调处发证及跨区域发证权属纠纷；督促矿业权人开展保护性开采的特定矿种、优势矿产的开采总量控制及相关管理工作；负责矿业权的查封、过户等协助执行事项；负责矿业权出让收益管理。拟订矿产资源战略、政策和规划并组织实施，监督指导矿产资源合理利用和保护；承担矿产资源储量评审、备案、登记、统计和信息发布及压覆矿产资源管理、矿产地战略储备工作；实施矿产储量动态管理，建立矿产资源安全监测预警体系；监督地质资料汇交、保管和利用，监督管理古生物化石。牵头负责全局安全生产工作。管理地质勘查行业和全市地质工作；监督管理本级地质勘查项目，组织实施重大地质矿产勘查工作；监督指导开展地质灾害工程治理；监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题；依法管理地质环境等工作。
十五、自然资源和规划督察办公室。拟订全市自然资源和规划督察政策、工作规则并组织实施；负责落实全市自然资源督察相关政策和制度，联系上级督察机构；承担对乡镇人民政府自然资源和国土空间规划等法律法规执行情况和有关专项督察检查工作。拟订自然资源卫片执法检查、政策工作规则并组织实施；指导督促局下级督查室及各乡镇自然资源卫片执法检查工作。
十六、行政审批服务股。负责自然资源部门进驻市政务中心窗口的全部工作，牵头组织本部门行政审批制度改革相关工作；负责组织对业务流程进行动态跟踪和研究；负责局电子政务系统管理工作及政务公开工作；负责本单位对企业和个人办理行政审批和管理服务事项的受理、审核（审批）、送达和综合协调;负责营商环境；负责做好“多规合一”在线审批及与其他部门的业务对接；负责协调“一门式”服务；负责“放管服”改革、互联网+政务服务工作；承办建设工程项目用地开工申报，负责全市建设工程项目的建设用地规划许可和建设工程规划许可；负责房改房上市、出让土地续期等相关的手续办理。